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Vendredi, 15 Février 2013 17:55

Conférence Patrick DURAND, Directeur Général de Korilog

KLAST : comparaison de séquences à haute performance et applications à l'analyse de données de séquençage de nouvelle génération


Korilog
www.korilog.com

Vendredi 22 février 2013
12h45/13h45

Amphi 2 - Faculté de Médecine, 22 av. Camille Desmoulins - Brest

KLAST : comparaison de séquences à haute performance

et applications à l’analyse de données de séquençage

de nouvelle génération.

 

KLAST est un nouvel algorithme de recherche de similitudes entre séquences, tout spécialement conçu pour comparer des grands volumes de données. Il est issu d’un programme coopératif de recherche et développement de 18 mois réalisé par l’équipe Genscale de l’Inria de Rennes et la société bretonne Korilog, et cofinancé par la Région Bretagne.

KLAST répond a un problème clé de la comparaison de séquences : réduire considérablement les temps d'exécution, tout en gardant une grande qualité dans les données qui en résultent. Pour réaliser ce double objectif, les équipes de l’Inria et de Korilog ont entièrement repensé et optimisé les méthodes PLAST [1] et ORIS [2], qui constituent les fondements de la comparaison de séquence à haute performance utilisée par KLAST. De plus, la mise en œuvre innovante prend en compte l'infrastructure informatique existante des laboratoires. En effet, il atteint des accélérations sans avoir besoin de matériels périphériques supplémentaires, car il tire pleinement parti des processeurs multi cœurs disponibles dans les ordinateurs de bureau ordinaires ou les nœuds de cluster.

A titre d’exemple, les performances de KLASTp ont montré une accélération d’un facteur 24 par rapport à BLASTp, l’outil de référence. Ces résultats ont été obtenus en faisant tourner les deux algorithmes sur les 8 cœurs d'un ordinateur Apple MacPro, lors de la comparaison de 2327 protéines de l’espèce du peuplier noir Populus trichocarpa avec 2,9 millions de protéines de la banque de données NCBI RefSeq. Par rapport à BLAST et SSearch, KLAST est aussi sensible et sélectif que ces outils de référence.

Pour fournir aux utilisateurs une plateforme avancée de recherche de similarités de séquences et d’analyse de données, le moteur KLAST a été intégré dans deux suites logicielles, KNIME et ngKLAST. Ainsi, au lieu d’exploiter de complexes lignes de commande, ces logiciels permettent de bénéficier d’une large palette d’outils de visualisation et d’analyses de données, afin d’appliquer le moteur KLAST à de nombreux types d’analyse reposant sur la comparaison de séquences.

Au cours de l’exposé, nous présenterons les premières applications de KLAST dans le domaine de la métagénomique environnementale.

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www.klast-search.com

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[1] Nguyen VH, Lavenier D: PLAST: parallel local alignment search tool for database comparison. BMC Bioinformatics 2009, 10:329

[2] Lavenier D., Ordered Index Seed Algorithm for Intensive DNA Sequence Comparison, HiComb 2008: IEEE International Workshop on High Performance Computational Biology, Miami, Florida, 2008

Mise à jour le Lundi, 17 Juin 2013 14:33
 
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